Cel mai eficient tratament pentru hemofilie constă în suplimentarea factorului de coagulare deficitar cu transfuzii sanguine (numai sub supraveghere medicală, în centre specializate) sau injecţii periodice.

Hemofilia de tip A, de exemplu, poate fi ţinută sub control prin injecţii cu desmopresină, un hormon sintetic care stimulează producerea de factor de coagulare VIII, împiedicând astfel sângerările spontane sau excesive.

În cazul hemofiliei de tip B, tratamentul constă în transfuzii cu sânge proaspăt sau cu derivate din sânge produse sintetic, care conţin factorul de coagulare necesar. În 2013, Administraţia Medicamentelor şi Alimentelor din SUA (FDA) a aprobat un medicament sintetic care conţine o proteină ce are rolul de a preveni sângerarea excesivă prin suplimentarea producţiei de factor de coagulare IX.

Hemofilia de tip C se tratează prin substituţia factorului de coagulare XI cu ajutorul infuziei plasmatice.

Variantele sintetice (recombinante) de factor de coagulare sunt considerate în prezent mai sigure decât transfuziile de sânge proaspăt provenit de la donatori, deoarece astfel se elimină riscul de transmitere a anumitor infecţii. De asemenea, se recomandă vaccinarea împotriva hepatitei A şi B, pentru a reduce riscul de infecţie ca urmare a transfuziilor sangvine, în cazul în care acestea sunt indicate ca metodă terapeutică.

De asemenea, terapia de substituţie a factorului de coagulare poate avea şi rol profilactic, deci de a preveni hemoragiile (este recomandată de obicei pacienţilor cu hemofilie severă de tip A).

Durerile articulare sunt des întâlnite în cazul pacienţilor cu hemofilie. Prin urmare, medicul poate recomanda administrarea, la nevoie, a anumitor medicamente pentru calmarea durerilor, cum ar fi cele pe bază de acetaminofen, ibuprofen, paracetamol. Preparatele care au acţiune mai puternică sunt recomandate doar în cazurile severe şi pe termen scurt, deoarece pot da dependenţă. Este contraindicată administrarea de aspirină, papaverină ori indometacin, deoarece astfel de substanţe pot creşte riscul de sângerare.